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生物洗滌塔由塔體、塔板、再沸器和冷凝器組成。在使用過程中再沸器一般用蒸汽加熱，冷凝器用循環水導熱。在使用前應建立平衡，即通入較純的產物組分用蒸汽和冷凝水調節其蒸發量和回流量，使其能在塔板上積累特定厚度液體，當混合氣體組分通入時就能迅速起到洗滌作用。在使用過程中要控制好一個液位，兩個溫度和兩個壓差等幾個要點。即生物洗滌塔液位，氣體進口溫度，塔頂溫度，塔間壓差（生物洗滌塔進口壓力與塔頂壓力之差），冷凝器壓差（塔頂與冷凝器出口壓力之差）。一般來說，氣體進口溫度越高越好，可以防止雜質凝固或液化不能進入生物洗滌塔，但是也不能太高，以防系統因溫度過高而不易控制。控制溫度的同時還需保證氣體流速，即進口的壓力不能太小，以便粉塵能進入生物洗滌塔。混合氣體通入生物洗滌塔后，部分氣體會冷凝成液體而留在塔釜，調節再沸器的溫度使液體向上蒸發，再調節冷凝器使液體回流至塔板，形成一個平衡。由于塔板上有特定厚度液體，所以生物洗滌塔塔間會有特定壓差，調節再沸器和冷凝器時應盡量使壓差保持恒定才能形成一個平衡。調節塔頂溫度時應防止溫度過高而使雜質汽化或升華為氣體而不能起洗滌作用，但冷凝溫度也不宜過低，防止產物液體在冷凝器積液影響使用。在注意以上要點的同時還需注意用再沸器調節生物洗滌塔的液位，為防止塔釜液中雜質濃度過高產生沉淀，應使其緩慢上漲。
